El 17 de enero de 1809, se decide que los presos franceses enfermos y heridos que se encontraban en los pontones flotantes en la bahía, sean trasladados a un hospital en extramuros. Un lugar junto a la batería de la Aguada, que ya había sido usado con anterioridad en catástrofes como la de la fiebre amarilla que acabo con más de 7.000 gaditanos en apenas cuatro meses durante el año de 1800.

La rendición de la escuadra francesa de Rosilly, la victoria en Bailen y la caída en desgracia de los vecinos franceses que ya eran gaditanos después de muchos años de convivencia, trajo a la ciudad un problema terrible de logística y de conciencia, que desde un punto de vista estrictamente histórico no supieron solventar.

Pontones, prisiones flotantes, poblaron la bahía y sembraron de enfermedad y muerte las aguas que yacen al pie de la Alameda. El modo de subsistencia de estos individuos, el control de la ingente cantidad de presos que llegaban cada día y el intento de evitar la propagación de enfermedades que pusieran en peligro a los propios gaditanos, llevó a ese traslado urgente y necesario a un hospital que no estaba preparado para tan grave problema.

De las seiscientas camas que se necesitaban, apenas se contaban con trescientas. Faltaba la ropa de cama, las camisas, los gorros, la ropa blanca, los útiles e instrumentos médicos. Y por más que se permitió el expolio del Obispado para obtener los recursos suficientes para su puesta a punto, el tiempo demostró que era necesario algo más. Entre esas soluciones, el exilio a la Cabrera y a Canarias de la mayoría de los presos sanos, y la habilitación de un nuevo hospital en la Población de San Carlos para remediar tanto caos.

La división del Hospital de la Segunda Aguada en salas donde se atendían las distintas especialidades, sarna, cirugía, unciones y medicina, además de las buenas intenciones de los médicos y personal sanitario del Colegio de Cirugía por mejorar las condiciones de los presos, no fueron suficiente ante el número de hombres que llegó a albergar, hasta 1.200 individuos en mayo de 1809. Hombres que fueron utilizados en la construcción de las defensas de la Cortadura, hombres enfermos que fueron utilizados como esclavos, forzados a trabajos físicos.

Eludir los pontones, verdaderos infiernos, y ser ingresados en el Hospital de la Segunda Aguada era la máxima aspiración de estos infelices. No les faltaba la comida, la vigilancia no era tan extrema ni las condiciones de humedad, salubridad e higiene tan nefastas como en las cárceles flotantes. El castigo ante los intentos de fuga era dejarles sin comida. Diarios escritos por soldados ingleses, cuentan de los alaridos de dolor y hambre de los hombres de los pontones a los que los barcos británicos lanzaban bizcochos y legumbres. Prestas siempre las cañoneras a evitar cualquier fuga aunque el pontón al que disparaban fuera un hospital flotante, acabando con más de doscientos enfermos que intentaban a nado llegar a la costa.

Este nosocomio, jugo un papel fundamental durante la Guerra de Independencia. Historiadores como Francisco Javier Ramírez Muñoz ha demostrado con sus trabajos de investigación que este Hospital del que sabemos aún poco, supone un elemento importante sobre todo para la zona de extramuros de la ciudad. En nombre de los cientos de hombres y también mujeres que estuvieron postrados entre sus muros, y murieron en la defensa de unos ideales que creían apropiados, merecen al menos un lugar para la memoria. Un lugar donde poder recordar aquellos proscritos.