A buen seguro varios factores o condicionantes juegan a su favor. La ausencia de misas a diario, la inexistencia de parroquia o comunidad que resida allí, las cómodas dimensiones y amplias puertas que permiten la salida de los pasos; y, sobre todo, la disposición y amabilidad de sus propietarios: la cofradía del Nazareno (en lo que a su capilla concierne) y las religiosas concepcionistas (con respecto al resto del templo). Alguna de estas razones, o varias de ellas, pueden ser los motivos que han propiciado que en los últimos tiempos la iglesia de Santa María haya sido sede temporal de algunas cofradías, como desde el pasado domingo lo es de la de Ecce-Homo, que ha recurrido a este templo de la ciudad como solución inminente ante el cierre de la iglesia de San Pablo.

Al igual que ha hecho ahora Ecce-Homo, los realojos más cercanos que se produjeron en Santa María fueron los de las cofradías de Perdón y Santo Entierro. Esta estancia temporal se remonta al año 2007, cuando la iglesia de Santa Cruz tuvo que cerrar para ser sometida a unas obras de rehabilitación con motivo de la exposición de Andalucía Barroca que albergó la Catedral Vieja. Con estas dos cofradías residiendo en Santa María, el Perdón realizaría ese año su salida procesional desde la propia Catedral, mientras que Santo Entierro sí procesionaría desde Santa María; además, la cofradía entonces del Viernes Santo volvería a salir de allí en 2008, para recogerse en Santa Cruz; mientras que el Perdón regresaría a su sede canónica en la Cuaresma de ese año 2008.

En el caso del Santo Entierro, hay que apuntar que Santa María fue su sede canónica entre los año 1750 y 1926, cuando se estableció en su actual templo, conviviendo en aquellos años con la cofradía del Nazareno, que llegó allí en 1616 (como están conmemorando este año que se cumplen cuatro siglos de aquel traslado).

También fue Santa María sede temporal de la cofradía de Columna durante un año, procesionando desde allí la cofradía del Martes Santo (solo con el Señor) en la Semana Santa de 1973.

Al igual que ocurrió con Santo Entierro en 2008 y que pretende hacer Ecce-Homo este año (salir desde Santa María para finalizar la estación de penitencia en su sede canónica), la cofradía de Borriquita también utilizó Santa María como templo de salida o de recogida durante algunas salidas procesionales de los años 60. Eran tiempos en los que la entonces hermandad de San José buscaba una estación de penitencia idónea por los problemas que generaba volver a extramuros el Domingo de Ramos.

En el año 2011, Santa María fue sede temporal de dos hermandades de la diócesis que vinieron a Cádiz a participar en el vía crucis que se celebró en agosto con motivo de la Jornada Mundial de la Juventud. En concreto, hasta este templo llegaron los Nazarenos de Vejer y de Chiclana, que participaron en el vía crucis procesionando desde allí (en el caso de la cofradía vejeriega, utilizando el paso de la Virgen de la Palma de la capital).

Y al año siguiente, el templo del viejo arrabal se barajó como sede de una de las las exposiciones de Pietas Populi, estando previsto que allí hubieran permanecido durante unos días los pasos del Cristo de la Buena Muerte, la urna del Santo Entierro, el palio de la Virgen de las Penas y el misterio de Afligidos. Finalmente, problemas con el suelo del templo obligaron a descartar esta opción, celebrando las exposiciones en Santo Domingo y Santa Cruz.

Santa María había sido también el templo escogido por los cofrades de Expiración ante el anuncio de la rehabilitación de la Castrense. El cabildo de hermanos incluso había aprobado ya el traslado de los titulares a la iglesia de las concepcionistas, para realizar desde allí la salida procesional en la jornada del Viernes Santo (lo que incluso requeriría unos leves retoques en la mesa del palio para permitir la salida por las dimensiones de la puerta. Finalmente, esta opción quedó descartada a finales del pasado año ante la certeza de que las obras en la Castrense no iban a comenzar antes del Viernes Santo.

Y capítulo aparte merecen las visitas puntuales que han sido muy numerosas (Sentencia, La Cena, La Galeona, la Virgen del Carmen, María Auxiliadora...) en esta hospitalaria iglesia de Santa María.