Cuando Federico Moliní, ingeniero director del Puerto de Cádiz, redacta el denominado anteproyecto de las obras necesarias para la carga y descarga de grandes barcos en el puerto de Cádiz y el plan de mejoras del Puerto de Cádiz, corre el año 1902, acaba de fundarse la Junta de Obras del Puerto y en su texto escribe: "El puerto de Cádiz no existe".

Efectivamente casi no existía el puerto, al menos como hoy lo concebimos; en aquellas fechas la ciudad sólo contaba con un fondeadero para grandes buques y, en opinión de Moliní, un puerto "mezquino" con una sola dársena que, en sus zapatas -más que muelles- sólo admitía, como mucho, el calado de las falúas. Por otra parte los terrenos portuarios se restringían a una estrecha franja de suelo entre el mar y el lienzo de muralla que ceñía Cádiz en su lado Este, y que limitaba al norte por el dique de san Felipe y al sur por el denominado "muelle del martillo". Entre uno y otro se sucedían los muelles de San Carlos (frente a la muralla de su nombre), de Puerto Piojo, (frente a la actual plaza de España) de la Puerta de Sevilla, (junto al palacio de la Diputación Provincial) de la Pescadería, (frente al actual paseo de canalejas), de la Puerta del Mar (frente al Ayuntamiento)y de Capitanía (junto al actual edificio del mismo nombre) . No olvidaremos en este inventario el muelle metálico de Viniegra Valdés situado en Puntales, en el lado sur del castillo.

En esta situación arranca su actividad la recién estrenada Junta de Obras del Puerto de Cádiz, una institución que, sobre todo, se preocupará de ordenar el frente litoral más próximo a la ciudad. Para conseguir sus objetivos la J.O.P. desarrollará a lo largo del siglo XX una serie de planes de obras que progresivamente irán configurando la imagen litoral de casi toda la fachada oriental de la ciudad.

Básicamente podemos estructurar las obras del puerto de Cádiz en tres periodos fundamentales: el ciclo 1902-1946, la etapa 1947-1952 y el periodo comprendido entre este último año y 1982 fecha de la desaparición de la Junta de obras del Puerto de Cádiz.

Durante la primera etapa en que hemos dividido la actividad de la J.O.P., se desarrollan tres planes de obras, el de 1903, El plan de Moliní, pasó a mejor vida sin ejecutarse ni una sola de las obras propuestas, aunque su diseño, modificado y mejorado por el nuevo ingeniero director Emilio Martínez y Sánchez Gijón en 1906, configuró el segundo plan de obras del puerto, que estuvo vigente hasta 1930. Durante este periodo se fue configurando el aspecto actual de la Dársena nº 1 o Dársena Moret. Así, en el año 1912 se da por finalizado el que hoy conocemos como muelle Reina Victoria, justo enfrente de la estación de ferrocarril. Entre 1913 y 1918 se ejecuta la segunda fase del dique de San Felipe. Entre este último año y el siguiente se ejecuta el núcleo originario del actual muelle pesquero, y dos años más tarde en 1921, finalizan las obras de los muelles Alfonso XIII, y Marqués de Comillas. Por último en 1926 se inician los trabajos del Dique Seco, trabajos que se extendieron por un periodo de veinte años, entregándose la obra el 8 de julio de 1946.

El tercer plan de obras de este ciclo fue aprobado el 6 de marzo de 1930 y permitió realizar las siguientes obras: Muelles de Levante y Poniente de la dársena pesquera, tercera fase del dique de san Felipe y el Malecón Sur del Puerto Pesquero, el Muelle Ciudad, en su parte más cercana al palacio de la Diputación, el Malecón de Levante de la dársena pesquera, y. Por último en y la 2ª fase de los muelles de Poniente y Levante de la dársena pesquera.

En el segundo ciclo de Obras que cronológicamente situamos entre 1947 y 1952 se desarrolla el Plan General proyectado durante el año de 1949, siendo financiado por la emisión de diferentes empréstitos autorizados a la J.O.P. de Cádiz por el Gobierno para actuar sobre las dársenas comercial y pesquera, el dique seco y el Puerto de la zona Franca. Las obras desarrolladas en estos cincos años, tuvieron un coste final de casi 183.000.000 de pesetas y permitieron terminar todas las infraestructuras pendientes del ciclo anterior además de completar la ya indicada del dique seco y comenzar las primeras actuaciones en la futura dársena de la Zona Franca en el área costera de Puntales.

De forma resumida indicaremos que las obras desarrolladas terminaron de rellenar el espacio pendiente del muelle ciudad en la parte más cercana al Paseo de Canalejas y a la Plaza de San Juan de Dios. Asimismo se terminó de construir el Muelle de Levante del Puerto Pesquero y el Muelle y escollera de cierre del fondo de ésta dársena, que también vio como se reconstruían los paramentos y la coronación del Muelle de Poniente, así como la Lonja, también destruida por la explosión. La segunda etapa del varadero y la construcción de almacenes para los enseres de buques pesqueros fueron otras obras efectuadas en esta etapa. Los Muelles de Armamento y de Embocadura del recién concluido dique seco forman parte de una lista de obras que se completa con la reconstrucción de talleres, el adoquinado y urbanizado de diferentes partes del Puerto, las reparaciones de elementos de maniobra y servicios (grúas, bolardos, balizas, viarios, remolcadores, dragas, edificios, almacenes, alumbrado, etc.) o los necesarios dragados de de las diferentes dársenas. Por último entre los años 1949 y 52 se realizan las obras de demolición del Muelle metálico Viniegra Valdés, entre otras razones porque obstruiría, de mantenerlo, el puerto proyectado para emplazar allí la futura zona franca de Cádiz.

El último periodo de obras en que hemos estructurado la actividad de la Junta durante el siglo XX, se corresponde al ciclo 1960-1982, un tramo cronológico en que el Puerto de Cádiz operará, básicamente, sobre el espigón de levante y sobre el área portuaria de la Zona Franca en Puntales. Durante este ciclo se aprueban dos planes de obras: el de 1963 y el de 1968-71. Durante estos años el Puerto de Cádiz crecerá hacia el interior del espejo de agua, con rellenos que afectaron tanto al nuevo espigón de levante como al dique de San Felipe. Además entre 1972 y 74 se construyen y entregan en el dique de San Felipe, y en las mismas fechas comienza la construcción de tres obras importantes en la dársena comercial: los duques de alba en el lado oeste del dique de levante, la prolongación del muelle Alfonso XIII y el contradique del espigón de San Felipe .

Finalmente, entre los años 1978 y 1984 la junta de Obras del Puerto primero y la Autoridad Portuaria de la Bahía de Cádiz después, inician y concluyen el Muelle Reina Sofía que durante los años ochenta, noventa y primera década del siglo XXI ejercerá la función de terminal de contenedores del Puerto de la Bahía de Cádiz. Esta operación llevará asociada una de las obras más polémicas desarrolladas por las autoridades portuarias al final de de los años setenta. La ampliación del Muelle Reina Sofía en el lado Oeste del espigón de San Felipe. Una obra que no sólo desbordaba los hasta ahora limites portuarios por su zona norte, sino que causaba un tremendo impacto visual en una de las zonas más nobles y mejor rematadas desde el punto de vista urbanístico de la ciudad de Cádiz.

Mientras toda esta actividad se desarrolla en la dársena comercial, el puerto continuaba creciendo en diferentes zonas de su influencia. De esta manera se consolidaban los espacios de muelle conseguidos para la Zona Franca de Puntales en los años cincuenta, y se ampliaban, con diferentes rellenos, los espacios ocupados por la reconstruida factoría de Astilleros de Cádiz, naciendo así el actual muelle de armamento, el espigón de Levante, los espacios destinados al parque de materiales laminados del Astillero, los terrenos de la nueva grada del astillero o los rellenos para el futuro dique seco nº 4 de Astillero.

Ya en los años setenta la Junta de Obras del Puerto de Cádiz, completará el espigón de Levante para cerrar la dársena comercial, y casi de inmediato comenzará los trabajos de la planta de limpieza y desgasificación de petroleros. A finales de la década, la J.O.P. rellenará el denominado muelle nº 3 del Astillero, y terminará colmatando el extremo nordeste del mismo, generando una superficie de casi 50.000 metros cuadrados… era sólo el inicio de una operación que treinta años después terminaría por configurar la actual imagen del nuevo puerto de Cádiz. Unos nuevos muelles y una gran superficie de operaciones que permitirán al Puerto de Cádiz avanzar en tres grandes objetivos: potenciar el tráfico de contenedores, reforzar la apuesta por los cruceros, (el traslado de los contenedores permitirá completar la especialización de la dársena comercial de Cádiz en este tipo de tráfico),y la creación de un espacio productivo superior a los 250.000 metros cuadrados,

El Puerto de la Bahía de Cádiz, denominado así desde que en 1982 su órgano rector dejara de gestionar sólo las dársenas de la capital para administrar los diferentes espacios portuarios de la Bahía, se configura hoy como un área de futuro desarrollo económico que afecta, no ya a sus viejos limites en la ciudad atlántica, sino a todo su marco geográfico natural, incorporando a su futuro el del resto de instalaciones comerciales, industriales y deportivas del arco marítimo de la rada gaditana.