El puente canal es uno de los tres que se conservan en el camino hacia el castillo de San Sebastián. Antes está el de hierro, llamado así por el material que se empleó en su construcción, y después el de la arena, que es el que une la primitiva fortaleza con la avanzada del castillo y que debe el nombre a la arena que se acumula bajo el puente.

El situado entre los dos, el puente canal, fue construido en el año 1797 para permitir el movimiento de barcas cañoneras con motivo del asedio del almirante Nelson a la ciudad.

Cuando se cumplía el segundo centenario de su construcción, Guillermo Boto Arnau publicó un trabajo en el que recordaba que fue el general José Mazarredo el que planeó la construcción del puente para permitir el paso rápido de estas barcas para hostigar a la flota inglesa.

El general se encontró con que los baluartes y murallas de Cádiz no la preservarían de la poderosa escuadra inglesa, compuesta, además de por navíos de línea o fragatas, por bombardas con capacidad para alcanzar con efectividad el centro de la ciudad. Por eso, ideó un sistema para hostigar a los ingleses y hacerles incómodo el sitio: las lanchas, que llegarían a su objetivo gracias a un nuevo canal en La Caleta.

Los gaditanos tallaron un canal en la piedra ostionera de La Caleta para evitar que estas embarcaciones tuvieran que rodear los bajos del castillo de San Sebastián y acudieran más rápidamente desde la propia playa (donde tenían su base) tanto al sur como a la entrada de la Bahía para desbaratar las maniobras inglesas.

La flotilla de barcas cañoneras ideada por el general se hizo con las lanchas de los barcos derrotadas en el Cabo de San Vicente, que permanecían, rotas, en el saco de la Bahía. Las lanchas se armaron con cañones desmontados de los propios barcos. Estas embarcaciones, junto a la construcción del puente canal que permitía su circulación sin que tuvieran que rodear los bajos de San Sebastián, fue una pieza fundamental para la defensa de la ciudad en aquellos días.