Trescientos años antes de la apertura del colegio de los jesuitas en El Puerto de Santa María, la Compañía apostó por la capital a la hora de abrir el que sería su primer centro educativo de la hoy provincia de Cádiz y uno de los primeros en todo el país.

Fundada en 1539, la Compañía puso en marcha su colegio en la capital, para la enseñanza gratuita de las letras y la escritura y, al poco, de la gramática, en 1566. En una ciudad que daba sus primeros pasos para su posterior desarrollo económico y social gracias al comercio con las nuevas colonias de ultramar, los Jesuitas se convirtieron en un referente educativo, monopolizando la enseñanza en la ciudad lo que, con el tiempo, provocó más de un problema con maestros privados que planteaban la apertura de sus propias escuelas.

Aunque parezca increíble, en la llegada de los Jesuitas a Cádiz tuvo mucho que ver la presencia de miembros de esta comunidad en las almadrabas que entonces funcionaban en Conil y en Zahara de los Atunes, según refleja Isabel Azcárate Ristori, autora de un amplio estudio de la política educativa de la Compañía en Cádiz. Aprovechando la cercanía, hicieron acto de presencia en Cádiz, una ciudad "donde no había ninguna religión, ni nunca la había querido aceptar". Es cierto que en esa época desde el cabildo (el ayuntamiento) se había puesto veto a la llegada de distintas órdenes a la ciudad por lo que los Jesuitas fueron los primeros en abrir casa en la capital.

Las primeras negociaciones con el cabildo se iniciaron en 1564. La autoridad eclesiástica cedía la iglesia de Santiago con su casa anexa, mientras que se le daba a la comunidad una renta anual de 200 ducados, pendiente de conseguir la Cátedra de Gramática, que le permitiría incrementar los fondos. Los jesuitas se comprometieron a contar con ocho miembros dedicados a la predicación, la confesión y le escuela para enseñar, de forma gratuita, a escribir, leer y contar.

Tras varias divergencias y cambios al frente del obispado y de la propia Compañía, la puesta el funcionamiento de la escuela tendría que esperar hasta el años 1566.

A lo largo de las décadas siguientes, las dependencias de la Compañía crecerían a la par que la comunidad recibía numerosas donaciones, algunas millonarias como la aportada por la familia del poeta sevillano, Juan de Arguijo. En dos décadas se fueron adquiriendo casas hoy limitadas por las calles Compañía, Obispo Urquinaona, San Juan y la plaza de la Catedral.

Como toda la ciudad, la Compañía vio perder buena parte de sus propiedades durante el ataque angloholandes de 1596, aunque su recuperación fue sustancialmente más rápida que la de la propia ciudad. A pesar de los índices de pobreza que sufría la población, el interés por mantener la escuela hizo al cabildo ceder los ingresos que recibía por la venta del pescado, a fin de evitar la marcha de los jesuitas.

La relación de la Compañía y Cádiz se va afianzando a la vez que la ciudad se recupera y se afianza como una de las grandes capitales europeas. Aunque la Ilustración traerá una dura competencia con los colegios no religiosos que irán surgiendo a lo largo de toda la ciudad y aunque la presencia de otras órdenes religiosas comienza a ser ya abundante en el reducido término urbano, la calidad de la enseñanza permitió al a los jesuitas gaditanos aumentar la oferta incluso con un nivel propio de la educación universitaria. A finales del siglo XVIII se impartían cursos de filosofía, matemáticas, fortificaciones y navegación.

Todo se fue al traste con la expulsión de la Compañía del país, y de medio mundo, en 1767, cuando contaba con medio millar de alumnos. Desde el muelle de Cádiz salieron deportados 600 miembros de la provincia jesuítica de Andalucía. Cuando, al cabo de los años, retornaron, ni la ciudad y el sistema de enseñanza no era el mismo, pero la Compañía siguió siendo un referente para la educación en la ciudad de Cádiz hasta su adiós en el año 2007.