LA Iglesia Mayor Prioral de El Puerto de Santa María es uno de los edificios religiosos más emblemáticos, singulares y significativos con que cuenta la Archidiócesis Hispalense.

Su origen se remonta al último tercio del s. XV, época de transición del medievo a la Edad Moderna, en que la ciudad vivió una profunda transformación que dio paso a un progresivo desarrollo comercial, crecimiento demográfico y florecimiento artístico, en una sociedad profundamente religiosa propia de la España de los Reyes Católicos.

La obra fue patrocinada por el I duque de Medinaceli Luis de la Cerda, señor jurisdiccional de El Puerto, que eligió un lugar a las afueras de la ciudad conocido como pozo santo, zona de crecimiento urbano de la villa de El Puerto de Santa María. Como maestro de obras fue nombrado el jerezano Alonso Rodríguez, que empleó, en lo arquitectónico y decorativo, el estilo Gótico tardío a semejanza de la Catedral de Sevilla y para su construcción la piedra arenisca, extraída de las cercanas canteras de la Sierra de San Cristóbal.

Del proyecto original cabe destacar la gran planta basilical dividida en tres naves, el ábside pentagonal, las cubiertas con bóvedas de crucería y estrellada, así como la inacabada Puerta del Perdón. A lo que añadimos los arbotantes, pináculos, gárgolas y la crestería que conserva el templo como elementos originales.

El terremoto de octubre de 1636 supuso, para el templo, un antes y un después, ya que el derrumbe de las cubiertas dejaron la iglesia en estado de semirruina, aunque, se mantendría abierta hasta 1643. Las obras de reedificación fueron adjudicadas, primero al cantero jerezano Antón Martín Calafate (1647) y, posteriormente (1659), a Francisco de Guindos, que se encargaría de la restauración de las nuevas cubiertas y de la construcción de nuevas dependencias como la capilla del Sagrario y la nueva Sacristía (s. XVII).

Una de las intervenciones más destacadas, por lo que supuso para la nueva reorganización espacial de la iglesia, fue la Puerta del Sol, abierta en el s. XVI en la nave lateral de la Epístola y realizada siguiendo el proyecto de Martín de Gainza (maestro mayor de la catedral de Sevilla, 1535-1556), aunque, como señalan algunos historiadores, podrían ser otros canteros los artífices de la obra. Se trata de una fachada-retablo de estilo plateresco, con elementos barrocos y en la que destaca, además del gran arco del triunfo que da acceso al interior, un completo conjunto iconográfico distribuido en diferentes niveles, donde están representados los padres de la iglesia, los evangelistas, dos de los apóstoles (San Pedro y San Pablo), la patrona Nuestra Señora de los Milagros y Jesucristo coronando el conjunto.

Las capillas, construidas sucesivamente desde el s. XV hasta el s. XIX, en que se abre la última de San Pedro, albergan magníficas piezas como la del Sagrario (s. XVII) con un bello retablo de plata, labrado en la ciudad mejicana de San Luis de Potosí, reconocido como una de las más importantes piezas de la orfebrería novohispana de finales del s. XVII, el barandal comulgatorio de plata y un ángel lamparero, tallado en madera policromada y atribuido a la escuela de Pedro Roldán.

Otros de los retablos, el de la antigua capilla del comendador Benito Benavides (s. XVI), hoy de la Hermandad de la Oración en el Huerto, conserva pinturas alusivas a la pasión, lienzos pertenecientes a la escuela sevillana del s. XV y principios del XVI, presenta rasgos que anuncian el incipiente Renacimiento.

El magnífico retablo barroco de la capilla de las Ánimas (finales del s. XVII), obra del escultor sevillano Ignacio López, presenta tallas de San Miguel Arcángel, San Judas Macabeo y San Gregorio Magno, que representan la defensa del cristianismo y la pureza de las almas, figuras cuya carga simbólica se completa con la escena teatral que representa la puerta del infierno, situada en el ático, con dos figuras centrales Adán y Eva en actitud de arrepentimiento y una magnífica talla de Cristo, escenificando la apoteósica entrada como Redentor en el Infierno.

En la nave del Evangelio, las capillas de la Hermandad de la Soledad y Cristo yacente y la de Jesús Nazareno destacan por conservar auténticas joyas de la imaginería barroca portuense. La capilla de la Soledad custodia la imagen de esta virgen que data del s. XVII, obra atribuida a Manuel Pereira; el Cristo yacente es obra de Miguel Vallés, perteneciente a la escuela granadina del s. XVII.

La popularmente conocida como capilla del Nazareno, con el titular de esta hermandad Jesús Nazareno (s. XVII), considerada una de las tallas más interesantes y singulares del barroco andaluz, junto con la de San Juan Evangelista (s. XVII) que es obra de Pedro Roldán.

La cabecera de la Nave del Evangelio acoge la capilla de la patrona de la ciudad, Nuestra Señora de los Milagros, antigua imagen gótica conocida como Santa María de El Puerto (s. XIII), cuyos milagros fueron loados por el Rey Alfonso X el Sabio en el Cancionero de Santa María de El Puerto. Tras la consagración de la Iglesia Mayor en su honor, la Virgen de los Milagros aparece en el escudo de armas de la ciudad, pasando el templo a ser conocido como Santuario de la Virgen de los Milagros. En 1916 la imagen fue Coronada canónicamente.

Esta capilla de la Virgen de los Milagros está presidida por un magnífico retablo barroco (s. XVII) de la escuela de Pedro Duque Cornejo, que junto con el majestuoso camarín, reja, cuadros y el rico tesoro, con que cuenta, hacen que esta capilla sea de las que más interés despiertan.

La Capilla Mayor, en la cabecera de la nave central, está presidido por una baldaquino de estilo Neoclásico, de finales del siglo XVIII, obra de Juan Miguel Inclán Valdés, construido en sustitución del antiguo y desaparecido retablo gótico.

La iglesia, cuenta además con otras capillas como la del Cristo de la Misericordia con el crucificado de José Ovando Merino (s. XX), la de San José, San Pedro, la Bautismal, la del Santo Ángel Custodio, Santa Rita de Casia, Dolor y Sacrificio y Santo Tomás de Villanueva que junto con la magnífica sillería del coro (s. XVII), los órganos, las pinturas, la forja del púlpito y cancelas, hacen que la Iglesia Mayor Prioral de El Puerto de Santa María sea uno de los edificios más interesantes de la arquitectura religiosa española.