La existencia de lo que parece ser una gran grieta en la cúpula del Oratorio de San Felipe Neri ha alertado a visitantes del templo, cuyas obras de rehabilitación ejecutadas por la Junta de Andalucía concluyeron en marzo de 2012 tras una inversión de 7.8 millones de euros.

A pesar de la altura del edificio, el daño en la cúpula es claramente visible. Arquitectos consultados por este diario indica que la causa puede haber sido un empuje horizontal de los materiales de la cúpula.

Cuando la Junta acometió a rehabilitación del templo en 2009, de cara a los fastos del Bicentenario de la Constitución de 1812, se detectó que una de las partes del inmueble que se encontraba en peor estado era la propia cúpula, hasta el punto que si no se hubiera actuado en aquel momento se corría el riesgo de daños irreversibles en la estructura.

En un principio estaba previsto que el Oratorio completase el recorrido cultural que sobre la Constitución de 1812 se realiza en el vecino Centro de Interpretación. La Junta diseñó y puso en marcha una proyecto en las mismas paredes y cúpula de la iglesia relacionada con este acontecimiento histórico. Sin embargo, terminados los actos del Bicentenario una serie de diferentes entre la administración regional y la Diócesis de Cádiz, propietaria del templo, obligaron a suspender esta actividad. Hoy la iglesia y su mantenimiento es plena responsabilidad del Obispado.