María San Gil fue designada como una de las tres personas que iban a encargarse de la redacción de la Ponencia Política que se aprobará en el Congreso, junto a la catalana Alicia Sánchez Camacho y el canario José Manuel Soria.

Avanzado el trabajo, el día 11 de mayo, San Gil anunció sin embargo que abandonaba este grupo por "diferencias de criterio fundamentales" y por haber perdido la confianza en la dirección nacional del partido y en su líder, Mariano Rajoy. Pese a ello, las aportaciones de la dirigente vasca formaron parte del texto de la Ponencia, que contiene duras críticas al PNV de obstruccionismo en la lucha contra ETA.

Unos días después, el 22 de mayo, San Gil anunció que tampoco quería seguir en la presidencia del PP vasco, que celebrará su Congreso en el mes de julio y deberá buscar un nuevo presidente (que será Antonio Basagoiti), y que deja igualmente la dirección del Grupo parlamentario en la Cámara vasca.