Por Real Cédula del 20 de enero de 1503 se creaba la Casa de la Contratación, base institucional del monopolio comercial y desde la que se organizarían los intercambios con la recién descubierta América.

Sevilla sería la ciudad elegida para ubicar esta institución y se erigiría en la gran capital del comercio ultramarino. Cádiz participó del monopolio desde el primer momento. El desarrollo comercial posterior le favoreció, fortaleciendo su posición frente a Sevilla, obteniendo ya en 1679 la cabecera del monopolio.

Al mismo tiempo, los comerciantes implicados en la Carrera de Indias exigieron un organismo que les agrupara y que defendiera sus derechos. Esta petición se materializó con la creación de Consulado de Comerciantes - Real Provisión del 23 de agosto de 1543-. Entre las funciones de dicha corporación estaba el encargo de proponer el buque ó total de toneladas mercantes que debería despachar cada flota, encargándose también de su distribución, adjudicando un tercio al comercio de Cádiz y dos al de Sevilla, una vez aceptado el tonelaje por la Casa de la Contratación. Después estos tres tercios se subdividían en tres partes: una para los cosecheros que cargaban los denominados Frutos de la Tierra -vino, aceite, vinagre y aguardientes,...-, y otras dos para los comerciantes que embarcaban todo tipo de mercancías. Es interesante señalar que el tercio de frutos que le correspondía a Cádiz se hacía extensivo a El Puerto de Santa María, Jerez de la Frontera y Sanlúcar de Barrameda.

El Puerto de Santa María y la Casa de la Contratación

Las ventajas comerciales que Cádiz va alcanzando frente a Sevilla logran la orden de traslado de la Casa de la Contratación y el Consulado de Comerciantes a la ciudad gaditana -Real Cédula del 12 de mayo de 1717-. Decisión que afectaría favorablemente a todas las localidades de su bahía.

Cádiz presenció una de las mayores concentraciones de capital burgués del país, pero actuó siempre como una plaza mercantil, condicionada por sus peculiaridades geográficas, falta de espacio tanto agrícola como industrial, que la hicieron dependiente de su entorno: El Puerto de Santa María, Jerez de la Frontera, Sanlúcar de Barrameda y Puerto Real, entre otros.

Desde finales del siglo XVII El Puerto había ido acrecentado su papel como núcleo mercantil, incrementándolo a lo largo del siglo XVIII con la centralización oficial del monopolio comercial americano en la bahía. En esta ciudad se daban circunstancias que favorecieron su desarrollo, como su ubicación al otro lado de la bahía, muy cercana a Cádiz para el asentamiento de toda esa burguesía mercantil transoceánica, y un amplio espacio geográfico comunicado terrestre y marítimamente con la capital.

Se convirtió en foco de atención de comerciantes, mercaderes y emprendedores en la que constituyeron compañías, abrieron casas de comercio, etc., en resumidas cuentas la ciudad se convirtió en un pequeño emporio complementario de Cádiz. cosecheros, cargadores a Indias y hombres de negocios extranjeros se convirtieron en los grupos estelares de la sociedad portuense. Fueron consolidándose verdaderas oligarquías comerciales, apellidos como Reinoso Mendoza procedente de la villa de Alcalá de los Gazules, los Valdivieso, Araníbar, Vizarrón, Eguiarreta de origen vasco-navarros o extranjeros como los Tirry o Cranisbrough de procedencias irlandesa, o los flamencos Diderickx o Winthuyssen, entre otros, constituyeron verdaderos grupos de poder. Junto a esta élite todo un amplio abanico social se asentaba en la ciudad: profesionales, militares, religiosos, funcionarios y burócratas, trabajadores del servicio doméstico, ...

El panorama industrial portuense estuvo dominado por la producción vinícola y, en menor medida, por la oleícola, cimentadas en la tradicional exportación de caldos y aceites al continente americano. No obstante, en la segunda mitad de la centuria se pueden enumerar algunas iniciativas industriales: fábricas de papel, producto muy escaso en España y América; de sombreros, de la que parte de la materia prima empleada se importaba de América, la preciada lana vicuña que se traía de Perú y Argentina; de tafiletes; de sedas; de blanqueo de ceras, ésta última con el privilegio desde 1745 junto con Sevilla y Cádiz de exportar a Indias en régimen monopolístico, industrias todas ellas que tropezaron con toda suerte de dificultades.

Como cabe esperar los productos claves de la ciudad objeto de exportación e importación que constituyeron la base de su actividad mercantil para esta época se redujeron a vino, aceite, vinagre, aguardiente, naranjas y limones. Igualmente se exportaban por este puerto productos procedentes de otras regiones como corcho, grana silvestre, azafrán, tejidos de seda y lana merina y llegaban productos europeos, casi siempre tejidos cuyo destino era el envío a América.

Hay que recordar que el sector de cosechería de esta localidad se beneficiaba desde tiempos atrás de intervenir en el prorrateo del tercio de frutos que se enviaba a Indias, que afectaba fundamentalmente al vino, vinagre, aceite y al aguardiente. En este contexto, Cádiz en más de una ocasión intentó excluir de este derecho a sus localidades vecinas, como así ocurrió en 1738, año en el que se dictó que El Puerto y Jerez solo podrían introducir sus productos cuando los gaditanos no pudiesen cubrir el cupo con los suyos propios.

En este camino de lucha por conseguir acrecentar sus derechos en el mercado americano, la ciudad consigue en 1744 junto a Jerez y Sanlúcar el derecho a la participación en la elección de los dirigentes consulares, derecho que hasta el momento había sido exclusivo de Sevilla y Cádiz.

En esta línea hay que citar el triunfo de los comerciantes gaditanos en su lucha por la obtención de un nuevo reparto del tonelaje de carga; reclamaban parte de los dos tercios de buque que ostentaba Sevilla. El 4 de octubre de 1758 se sentencia a favor de ellos: El Puerto, Jerez y Sanlúcar dominarán el comercio del vino y el aguardiente. Habían conseguido ocupar uno de sus tercios en igualdad de condiciones

Esta situación ventajosa comenzaría a tornarse contraria. Las claves de la decadencia mercantil habría que buscarlas en el final del tercio de frutos con los decretos de libertad de comercio con las colonias promulgados por Carlos III. El Puerto de Santa María no fue habilitado como puerto para el tráfico con América a diferencia de Cádiz o Sanlúcar. Unido a esto se sumó para 1788 las suspensión del derecho de generalas del que gozaba desde tiempos atrás, y finalmente para 1790 la supresión de la Casa de la Contratación.

El Puerto sufrirá un descenso en su comercio, pero que intentará paliar con la venta de vinos a nuevos mercados en otras regiones españolas y europeas.