La mayor parte de las piezas de interés arqueológico aparecidas durante las obras de reforma realizadas en el edificio anexo a la Capilla de la Aurora se encuentran ya depositadas en el Museo Arqueológico Municipal de El Puerto. Las piezas fueron halladas durante las obras promovidas por el Obispado de Asidonia-Jerez, y que consistieron en la reforma del interior del edificio existente en la parte posterior de La Prioral, junto al patio, donde en el siglo XVIII existió un centro docente de filosofía y teología, así como de arte y gramática, que tuvo gran importancia y llegó a ser conocido como Universidad de la Aurora, ya que se encuentra anexo a la capilla de dicho nombre. Las obras se desarrollaron a lo largo del año 2012, hasta mediados de 2013, cuando el obispo de Asidonia-Jerez, José Mazuelos, inauguró los nuevos salones parroquiales con un acto religioso y la bendición de las dependencias.

Debido a la cercanía del edificio con la Iglesia Mayor Prioral, que está declarada Bien de Interés Cultural (BIC), así como a su propia antigüedad, fue necesaria la realización de estudios arqueológicos previos antes de comenzar las obras de reforma propiamente dichas. Dichas prospecciones estuvieron dirigidas por el arqueólogo José Manuel Lojo, quien contó con la colaboración del técnico Francisco Giles Guzmán. El proyecto de intervención arqueológica fue aprobado por la Delegación Provincial de Cultura de la Junta de Andalucía.

En un primer momento, la intervención consistió en la realización de prospecciones en el mismo edificio, destacando los trabajos en unas bóvedas de grandes dimensiones existentes en una de las plantas del antiguo inmueble, en las que aparecieron alrededor de 300 botijas, datadas entre los siglos XVII-XVIII. Estas piezas de alfarería rústica se utilizaban para aligerar el peso que soportaban los muros de carga y hacer más liviana la bóveda para poder instalar un suelo sobre ella sin riesgo de que se desplomara por exceso de peso. Se trata del conjunto de botijas más numeroso que ha aparecido en El Puerto y además en su mayor parte en buen estado de conservación.

Una vez inventariadas y hechos los estudios necesarios, las antiguas botijas fueron trasladadas al Museo Arqueológico Municipal, donde han quedado depositadas para su custodia y puesta en valor. De igual forma, también mientras se realizan las obras para reformar el edificio, aparecieron en los muros detrás de la sacristía de la capilla de La Aurora, una serie de pinturas al fresco con motivos florales. En la parte superior, se descubrieron pinturas y firmas de la época, y un dibujo esquematizado de una persona, que también se ha conservado 'in situ'. Finalmente, se alcanzó la estratigrafía del suelo original de la sacristía, del que se ha dejado a la vista un fragmento para que los visitantes tengan una idea de cómo era la entrada a las dependencias eclesiásticas del Rosario de la Aurora, fundada a principios del siglo XVIII.

Ya a nivel de subsuelo, los arqueólogos dieron con una fosa común correspondiente a la epidemia de fiebre amarilla que azotó la El Puerto y la Bahía de Cádiz en el año 1800. Aparecieron los restos de unas 100 personas, de diferentes edades, enterradas bajo capas de cal viva para impedir la propagación de la epidemia. Según el arqueólogo, "los individuos aparecen unos encima de otros y cubiertos de cal, típico de las fosas de epidemia". Los restos han sido depositados en la cripta de San Pedro, en la Iglesia Mayor Prioral. En el enterramiento colectivo se encontraron elementos religiosos, como rosarios de azabache, medallas, crucifijos (entre ellos Cruces de Caravaca), así como objetos de devoción relacionados con el Camino de Santiago y botones de bronce y hueso. Estos objetos, algunos de ellos desdibujados parcialmente por la cal, se entregarán en estas próximas semanas por el arqueólogo José Manuel Lojo al Museo Municipal, para su posterior restauración.