La detención de dos miembros de ETA en Portugal ha reabierto las sospechas sobre la posibilidad de que la banda pudiese tener infraestructura en el país vecino. En los últimos años, los etarras lo han usado para robar o alquilar coches con los que posteriormente intentaron o llevaron a cabo acciones terroristas en España. No obstante, desde el Ministerio del Interior aseguran que no manejan datos que corroboren este extremo.

Tras la desarticulación del comando Vizcaya de ETA en julio de 2008, su líder, Arkaitz Goikoetxea, confesó a la Guardia Civil que una de las primeras órdenes que les transmitió el entonces jefe de comandos de la banda, Garikoitz Azpiazu Rubina, Txeroki, fue crear una infraestructura estable en Portugal. Esta declaración vendría a explicar por qué en la casa de Bilbao en la que fue detenido Goikoetxea la Guardia Civil se incautaron planos y mapas de Lisboa y Huelva.

La Guardia Civil descubrió el 21 de junio de 2007 un coche con matrícula portuguesa cargado con 115 kilos de explosivo que había sido abandonado por la banda en Ayamonte.