El 4 de enero de 1941, los ingenieros del ICAI Javier Benjumea Puigcerver y José Manuel Abaurre Fernández-Pasalagua fundaron en Sevilla, junto a tres amigos, la Sociedad Abengoa S.L., con un capital social de 180.000 pesetas (1.082 euros). El nombre de Abengoa fue formado con los apellidos de los cinco socios fundadores: José Manuel Abaurre (A), Javier Benjumea (BEN), Fernando Gallego (G), Antonio Ortueta (O), y Ricardo Abaurre (A). Con el paso de los años, sólo Javier Benjumea y José Manuel Abaurre lideraron el desarrollo de la empresa.

Inicialmente su objetivo era fabricar un contador monofásico de cinco amperios, aunque los problemas de aprovisionamiento que sufría España en aquellos tiempos provocaron la inviabilidad del proyecto. Sin embargo, a partir de 1943 Abengoa se dedicó a la elaboración de proyectos y estudios técnicos, así como a los montajes eléctricos. Al final de su primera década de existencia, la facturación ya superaba los 45 millones de pesetas. En los años cincuenta, Abengoa amplió su mercado al ámbito nacional, creciendo su facturación hasta los 872 millones de pesetas en diez años.

La década de los 60 es la etapa de salida al mercado internacional. Argentina y Guatemala fueron los primeros países donde Abengoa realizó montajes de líneas eléctricas fuera de España. Cuando la sociedad celebra sus bodas de plata, la facturación alcanza los 4.880 millones de pesetas. La implantación del Plan Energético Nacional, a principios de los 70, marca una etapa de relanzamiento de Abengoa, destacando en los sectores de telecomunicaciones y electrónica. En 1980, Abengoa cuenta con 4.634 empleados y su facturación asciende a 52.396 millones de pesetas. La década de los 80 se caracteriza por los esfuerzos de Abengoa para adaptarse a las nuevas estructuras promovidas por la informática y la incorporación de España a la Comunidad Económica Europea. El grupo, que comprende ya más de un centenar de empresas, amplía sus mercados en las áreas de energía, industria, transportes, medio ambiente y telecomunicaciones.

A partir de los 90, Abengoa da un giro a su estrategia, centrando su actividad en el desarrollo de las tecnologías de la información, las energías renovables y los biocombustibles, saliendo de las tradicionales áreas de ingeniería mecánica y obras. En 1995, los hijos del fundador, Javier y Felipe, asumen la copresidencia del grupo.

Felipe, más joven, es quien lleva las riendas del grupo industrial, mientras que Javier está más volcado en los aspectos financieros patrimoniales y en la Fundación Focus. Uno de los primeros retos de los herederos es hacer una compañía más rentable y con una organización más flexible. Otra importante decisión es volver a cotizar en Bolsa, para dotar de mayor valor al grupo y buscar financiación con la que emprender nuevos proyectos, sobre todo a nivel internacional. En 2007, Javier Benjumea renuncia al cargo de copresidente, dejando a su hermano Felipe como presidente único de la empresa.