Una de las defensas personadas en el caso de los ERE fraudulentos ha planteado a la juez María Núñez Bolaños una división del sumario en piezas separadas que, en su opinión, posibilitaría que los ex altos cargos imputados fuesen enjuiciados en un solo juicio, evitando  tener que someterse a más de 200 juicios y las complicaciones derivadas de las distintas sentencias que pudieran dictarse, además de salvaguardar la valoración del concurso o la continuidad delictiva a los efectos de imposición de las penas en su caso.

La abogada Encarnación Molino, del bufete Montero-Aramburu y que representa a varios imputados en la macrocausa, sostiene en un escrito remitido a la instructora una división en tres piezas de la parte de la investigación sobre el denominado “procedimiento específico” por el que se concedían las ayudas. Estas tres piezas englobarían las fases de "presupuestación" de las transferencias de financiación mediante las cuales se concedieron las ayudas (Consejería de Economía y Hacienda), otra sobre la concesión de las subvenciones (Consejería de Empleo, y una tercera parte sobre la actuación de los funcionarios y autoridades relacionadas con el pago de las mismas (IFA/Idea y Consejería de Innovación).

La segunda subpieza, dentro del procedimiento específico, englobaría la investigación relativa a "la forma concreta en que se concedieron las ayudas en el seno de la Consejería de Empleo (singularmente la Dirección General de Empleo) por parte de funcionarios y autoridades de la misma".

La tercera parte que esta defensa incluiría dentro del "procedimiento específico" investigaría "la actuación de funcionarios y autoridades públicas cuya intervención se relaciona con el pago de tales ayudas (IFA/IDEA, Consejería de Innovación)".

Tras estas tres piezas, el diseño de la división coincide con la acordada en su momento por la instructora, ya que contaría un segundo bloque para la investigación de las "sobrecomisiones" recibidas por las compañías mediadoras de las pólizas de las prejubilaciones, y un tercer gran bloque con las piezas relativas a los "perceptores de ayudas sociolaborales y directas a empresa". En este caso habría que proceder a abrir una pieza separada por cada empresa perceptora o beneficiaria de ayudas sociolaborales o directas, "en la que procedería investigar a los sujetos perceptores o beneficiarios de las mismas  que no reúnen la condición de funcionario o autoridad pública". Aquí se abrirían más de 200 piezas, una por cada una de las empresas investigadas, algo que en la práctica ya está haciendo la juez Bolaños.

La defensa añade que estos criterios de división "no empecen desde luego, la procedencia del sobreseimiento y archivo de muchas de las piezas a las que se dé lugar tras la división de la causa por no ser constitutivos de delito alguno los hechos investigados o por simple prescripción".

Con el diseño propuesto, prosigue la defensa, "cada imputado sería enjuiciado en un único procedimiento, dejando a salvo la valoración del concurso o la continuidad delictiva a los efectos de imposición de las penas que procedieran".

La abogada cita un auto de la Sección Séptima de la Audiencia de Sevilla que, en julio de 2014, avaló la negativa de la juez Mercedes Alaya a dividir entonces esta macrocausa porque entendía que la Fiscalía Anticorrupción no había fijado un diseño "de hechos y personas intervinientes en relación a las piezas a formar que hubiera permitido a la instructora pronunciarse sobre la conveniencia de su incoación sin que por ello sufriera la continencia de la causa, valorando, en definitiva, una propuesta concreta que justificase apartarse de la norma general del artículo 300 de la ley rituaria cuando en su segundo inciso proclama que los delitos conexos se comprenderán, sin embargo, en un solo proceso".

La Audiencia criticó entonces que la propuesta del Ministerio Público no fuese acompañada de un "proyecto –por muy provisional que fuera- de valoración de las imputaciones con diseño de hechos, diseño de imputados, con diseño de conexiones y desconexiones subjetivas y objetivas para con esa base fáctica, sustentar la argumentación jurídico-formal que ofreció a la juez y ofrece a este tribunal para explicar su petición de separación en piezas de la causa con ruptura de la regla general de enjuiciamiento conjunto de los delitos conexos".