La Fiscalía de la Audiencia Nacional pidió al juez Ismael Moreno, que investiga desde junio de 2006 los vuelos de la CIA en territorio español, que tome declaración al director general de Política Exterior para América del Norte del Ministerio de Exteriores, Miguel Aguirre de Cárcer, presunto autor del informe secreto en el que se ponía al corriente al Gobierno del PP del uso por parte de EEUU de los aeropuertos españoles. Además, el Ministerio Público solicitó que acudan a declarar los trabajadores, oficiales y controladores de las bases de Morón, Torrejón y Rota que estaban trabajando en el momento de realizarse las escalas de la CIA.

Según las informaciones aparecidas, Aguirre fue el supuesto encargado de redactar un informe dirigido al entonces ministro, Josep Piqué, y al secretario de Estado, Miguel Nadal, en el que se daba a ambos información sobre las escalas, según publicó el diario 'El País'. En él se decía que Estados Unidos había solicitado al Gobierno español autorización para realizar paradas en España de vuelos "para trasladar a prisioneros talibanes y de Al Qaeda desde Afganistán hasta la base de Guantánamo, en Cuba". 

La razón de tal diligencia, según el fiscal, es la de determinar si en el Ministerio de Asuntos Exteriores se tiene información del uso del espacio aéreo o aeropuertos españoles para los fines objeto de la investigación. La Fiscalía pide además al juez que requiera a Exteriores cualquier documento de la Dirección General de Política Exterior para América del Norte y Seguridad y Desarme relacionado con los hechos, entre ellos el escrito "relacionado con el uso de aeropuertos españoles para el traslado de prisioneros talibanes y de Al Qaeda con destino a Guantánamo". 

La Fiscalía solicita también que se cite a declarar a los trabajadores, oficiales y controladores de las bases de Morón de la Frontera (Sevilla), Torrejón de Ardoz (Madrid) y Rota (Cádiz) que estaban trabajando en el momento en que se produjeron las escalas de los vuelos. El juez Moreno ya dio el pasado mes de mayo un primer paso en este sentido, dado que pidió a Defensa y a Aeropuertos Españoles y Navegación Aérea (AENA), "la identidad completa y el actual domicilio" de estos funcionarios como paso previo a la realización de los interrogatorios. 

El escrito de Fiscalía, firmado por Vicente González Mota, solicita por otra parte que se pida a la Oficina de Notificación de los Servicios de Tránsito Aéreo del Aeropuerto de Torrejón, el plan de vuelo y la relación de tripulantes del traslado aéreo que se realizó el 18 de julio de 2005 y 20 de agosto de 2005. La intención del fiscal es que el juez llame a declarar al encargado de esta oficina, al técnico y al coordinador de programación y operaciones del aeródromo para que expliquen "las operaciones efectuadas en el aeropuerto" por los vuelos investigados. 

Explica el fiscal que "ante la previsible falta de inspección del interior de las aeronaves deben recabarse los testimonios de quienes "pudieran haber recibido información visual o de otro modo de la presencia de personas trasladadas". Por otra parte, pide al juez que requiera a la Comisaría General de la Policía Judicial la obtención de toda la información sobre las llamadas que efectuaron en el Hotel Royal Plaza de Ibiza entre los días 12 y 16 de febrero de 2005, los 8 miembros de la tripulación de uno de los vuelos que hizo escala en España, con objeto de esclarecer la identidad su identidad y su habilitación como pilotos profesionales. 

El fiscal recuerda por último en su escrito la necesidad de obtener respuesta a las comisiones rogatorias libradas a Suiza -en la que se solicitaba información sobre el traslado en uno de esos vuelos del clérigo egipcio Abu Omar, secuestrado en este país y a Italia.