La decisión de trasladar la Casa de la Contratación, el 8 de mayo de 1717, de Sevilla a Cádiz no supuso en la práctica novedad alguna ya que venía a ratificar legalmente la correlación de fuerza entre ambas capitales; no obstante, los cambios tanto en atribuciones como en estructuras internas nos permiten plantear si estamos ante una nueva institución.

El reformismo borbónico tenía claro que había que dedicarle una especial atención a los problemas de la Carrera de Indias, ya que la consideró parte fundamental de la estructura económica que debía sostener el Imperio. En 1701 se produjo una reducción notable de cargos en la Casa, y la promulgación de los Reales Proyectos para el despacho de las flotas, en 1711 y 1712, redactados por el entonces secretario del Consejo de Indias, Bernardo Tinajero de la Escalera, ya manifestaba un cambio en el mando sobre las órdenes e instrucciones para el apresto de las armadas y flotas, que posteriormente se consolidarían con la llegada de éste a la recién creada Secretaría del Despacho de Marina e Indias.

La decisión del traslado ratificó legalmente la correlación de fuerza entre Cádiz y Sevilla

Tras el tratado de Utrecht, de 1713, se puso de manifiesto, ante una España inerme y desgastada económicamente, la imposibilidad de resistirse a la injerencia de Inglaterra que obtuvo una serie de privilegios impensable unos pocos años antes. Así, la paz firmada incluía la concesión del Asiento de Negros a la Compañía del Mar del Sur por un periodo de treinta años; además, se permitía a los británicos el llevar a América un navío de 500 toneladas cargado de productos. En resumidas cuentas Gran Bretaña entraba en el comercio americano de forma legal, lo que le facilitaría también la introducción de sus productos de forma ilegal.

En este contexto, las reformas continuaron para tratar de transformar y mejorar el sistema. El nombramiento de José Patiño como Intendente General de la Marina le otorgó atribuciones propias anteriormente de la Casa de Contratación para las Reales armadas y se le nombró presidente del Tribunal de dicha Casa con el objetivo de velar por el comercio y desterrar los abusos existentes. Las medidas propuestas por Patiño con respecto a la política naval incluyeron además de la reforma de las flotas, la construcción de arsenales y astilleros como los instaurados en Cádiz, en La Habana, o los que se pretendieron establecer con peor suerte en México.

En 1720, se instauró el Real Proyecto de las flotas y galeones que tuvo como objetivo principal mejorar y aumentar el ritmo de intercambios entre Cádiz y las posesiones americanas a través de las salidas regulares. Asimismo, se introdujo el derecho de palmeo, un canon arancelario por el tamaño de mercancías; se disminuyeron los gravámenes de productos españoles para promover la industria y el comercio peninsular; y, entre otras medidas, se obligó a que los buques fueran de fabricación española. Pero, a pesar de las reformas, lo único que se demostró fue la incapacidad del comercio para conservar su antigua posición en los mercados americanos, no sólo por la inadecuada política de construcción naval sino también por estructura económica básica de Nueva España y Perú y la actitud precavida de los consulados de México y Lima frente al sistema de flotas y galeones. Además, el incremento del contrabando y los éxitos de los navíos de permiso saturaron el mercado y hubo una alarmante caída de los precios.

Unos años después, en 1734, se trató de resolver la situación convocando a los representantes de los cuerpos del comercio de Andalucía y de los virreinatos americanos quienes se acusaron mutuamente del fracaso. El resultado fue la Real Cédula de 1735 que suspendió temporalmente los galeones para Tierra Firme y permitió la utilización de navíos de aviso para surtir a Cartagena y Portobelo. A pesar de establecerse unas medidas más reales y adecuadas a las posibilidades que España tenía en ese momento, la guerra con Inglaterra en 1739 frustró los planes sin haber podido probar la efectividad del proyecto y se abrió un largo paréntesis que coadyuvo al sistema de navíos sueltos. El sistema de flota y galeones no funcionó como era lo esperado y a pesar de que fue repuesto en 1754, no supuso un resurgimiento.

El traslado de la Casa y los cambios ocurridos también afectaron la base social del viejo monopolio, especialmente a las comunidades mercantiles extranjeras que se pretendían expulsar del tráfico colonial. Antes del fin de la Guerra de Sucesión, Felipe V renovó las antiguas leyes que vedaban tanto la inmigración como el establecimiento de extranjeros en los dominios americanos y su participación comercial; de esta forma, se pretendía contrarrestar el comercio ilícito en la América Hispánica. A la creación del nuevo Virreinato de Nueva Granada, que entre otras cosas pretendía frenar el contrabando, hemos de añadirle por parte del Estado una verdadera escala de disposiciones restrictivas con miras al comercio colonial, tan importante que volvieron a ser un privilegio exclusivo de los españoles hasta 1742, año en que fueron derogadas. Esta discriminación afectó también a los españoles nacidos o domiciliados en América, cuyos derechos a participar en el comercio marítimo fueron también conculcados.

Pero frente a las reformas orientadas a la restauración de un sistema monopolístico más eficaz, y con la fuerte oposición del Consulado gaditano que veían la apertura de otros puertos del litoral como un peligro para sus intereses comerciales, se dieron los primeros pasos para introducir un sistema similar al que ya usaban otros países, las compañías. Siempre salvaguardando el monopolio del Estado, se creó una compañía por acciones para el comercio con Honduras y Caracas y, en 1721, se formó otra a la que se le denominó la Compañía de Galicia; ambas ocuparían circuitos al margen de los destinos comerciales de los que tenían las flotas. Con posterioridad, en 1728, se creó la Real Compañía Guipuzcoana, la de La Habana en 1740, o la de Cumaná, en 1752, entre otras.

En esa misma línea de modernidad, y como resultado de los conflictos con otras potencias, los denominados navíos de registro van a cubrir buena parte de la necesidad del comercio con América. Inicialmente solo para las zonas excluidas de la ruta de los convoyes, consiguiendo una mayor rapidez y regularidad con ellas y potenciando el despegue de regiones que de alguna manera se habían visto relegadas a un segundo plano como el Río de la Plata o Chile; con posterioridad, especialmente entre 1740 y 1756, cubriendo la irregularidad que el sistema de flotas y galeones generaba. Podemos afirmar que este sistema de registros fue el antecedente de lo que después sería el Decreto de Comercio Libre en 1765 y el Reglamento de Libre Comercio de 1778 que permitieron la apertura de nuevos puertos peninsulares al comercio con América y llevaron a la postre, en tanto que garante del mantenimiento de dicho monopolio, a la supresión de Casa de la Contratación en 1790.