Las pilas que se levantarán en plena Bahía, once en total, comenzarán a construirse el próximo verano, según el plan de trabajo previsto por Fomento. En primer lugar, indican fuentes del Ministerio, "se realizarán las cimentaciones de las pilas más cercanas a Cádiz, es decir, de la dos a la siete", según Fomento. A continuación se iniciarán los trabajos de una de las pilas más complicadas del puente, la gran torre en mar. Para ello, la empresa Dragados ha comprado una pontona de 91 metros de eslora que hace unos días llegó desde Singapur al puerto de El Puerto de Santa María. Allí permanecerá hasta que comiencen los trabajos de la torre atirantada. Antes, será necesario construir las placas metálicas que servirán para delimitar en el mar los espacios sobre los que se levantarán las torres. Los trabajos en el mar exigirán un importante aumento en el número de trabajadores, entre ellos varios buzos. Así, el Ministerio de Fomento asegura que durante 2009 se llevarán a cabo "las cimentaciones y parte de los alzados de las pilas del mar". A lo largo del próximo año también se realizarán las estructuras del enlace del Río San Pedro -que cambiará radicalmente-, y se ejecutará el tablero del viaducto previsto para el Muelle de la Cabezuela, que comprende desde la pila 15 hasta el segundo estribo del puente, próximo a la depuradora de Puerto Real.

Durante el último año, en el que Fomento ha actuado al mismo tiempo tanto en el extremo de Cádiz capital como en el Muelle de la Cabezuela y en el nudo del Río San Pedro, el balance indica que uno de los trabajos más complicados ha sido la realización de los pilotes en lugares tan cercanos al mar, donde el nivel freático es elevado. Para los próximos meses, la mayor dificultad se presentará una vez arranquen los trabajos en el mar.

El prestigioso ingeniero navarro Javier Manterola es el autor del proyecto del segundo puente. Según la ministra de Fomento, Magdalena Álvarez, será el más alto largo de España y el más alto de Europa.